ნეკრესის სამონასტრო კომპლექსი ქართული ხუროთმოძღვრების რამდენიმე ძეგლს აერთიანებს, რომელთაგან IV საუკუნის II ნახევრის მცირე ზომის ბაზილიკა ერთ-ერთი უძველესია საქართველოში დღემდე მოღწეული ეკლესიათაგან. დიდი სამეკლესიიანი ბაზილიკა VII საუკუნის დასაწყისს განეკუთვნება. იგი გარედან გეგმით სწორკუთხაა. მთავარი ეკლესიის სამკუთხეველი სამნაწილინია. გვერდითი ეკლესიები ცენტრალურზე მოკლეა. დასავლეთით მთავარი, ხოლო ჩრდილოეთითა და სამხრეთით გვერდის შესასვლელებია. VIII-IX საუკუნების გუმბათოვანი ეკლესია გეგმის თავისებურებით გამოირჩევა. გ. ჩუბინაშვილი, ვაჩნაძიანის ყველაწმინდის მსგავსად, სამეკლესიიანი ბაზილიკის გუმბათოვან ვარიაციად მიიჩნევს. შუა კვადრატულ, გუმბათით დაგვირგვინებულ დარბაზს ერთი შვერილი - გარედან ხუთწახნაგა და შიგნით ნალისებრი ფორმის აფსიდი აქვს. ეკლესიას 3 მხრიდან გარსშემოსავლელი ეკვრის. სამხრეთით და დასავლეთით ორ-ორთაღიანი შესასვლელებია. ეპისკოპოსის ორსართულიანი სასახლისათვის (VIII-IX სს, ახლა ნანგრევებია) XVI საუკუნეში კოშკი მიუშენებიათ. მონასტრის ტერიტორიაზე არის საცხოვრებელ და სამეურნეო შენობათა ნაშთები, მცირე სამლოცველოები და სხვა.